وتتلخص أهداف الوزارة في :

• وضع السياسات المائية اللازمة لضمان تغطية كافة متطلبات الزراعة والصناعة والشرب والملاحة والطاقة والاحتياجات الاستهلاكية الأخري من المياه .

• الحفاظ علي كافة الموارد المائية المتاحة وترشيد استخدامها وتعظيم العائد منها ورفع كفاءتها وذلك من خلال استخدام التقنيات الحديثة في ادارة مياه نهرالنيل والخزان الجوفي ومياه الأمطار والسيول ومياه الصرف الصالحة للاستخدام وفق معايير وضوابط محددة.

• ضبط وإحكام توزيع مياه الري وإقامة وتشغيل وصيانة الخزانات والقناطر الكبري والأعمال الصناعية علي النيل وفرعيه والرياحات والترع وشبكات الري والصرف.

• تحسين وتطوير طرق الري بغرض الاستخدام الأمثل للموارد المائية المتاحة.

• الحفاظ علي نوعية المياه وحمايتها من التلوث .

• زيادة حصة مصر من مياه نهر النيل عن طريق التعاون والتنسيق مع دول حوض النيل لإقامة المشروعات المشتركة لاستقطاب المياه المهدرة واستغلالها .