تتمثل تكاليف المشروع فى بندين رئيسين الأول هو التكاليف الرأس مالية وهى تلك التكاليف التى يجب إنفاقها لإقامت البنية الأساسية للمشروع متضمناً تكاليف ....المأخذ ومحطة الرفع وتكاليف إنشاء الترع الرئيسية والفرعية
والثانى هو التكاليف السنوية.....التشغيل والصيانة وقسط الأهلاك وهى تلك التكاليف اللازمة لتشغيل المشروع من أجور ومستلزمات وقطع غيار ونفقات صيانة والطاقة المستخدمةوغيرها
التكاليف الرأس مالية
يبلغ إجمالى التكاليف الرأسمالية للبنية الأساسية للمشروع 5.48 مليار جنية يمثل تكاليف المأخذ ومحطة الرفع حوالى 1.48 مليار جنية مصرى بنسبة 27% من إجمالى التكاليف الرأس مالية بينما تمثل تكاليف إنشاء ترعة الشيخ زايد الرئيسية والفرعية حوالى 4 مليار جنية بنسبة مئوية قدرها 73% من إجمالى التكاليف الرأسمالية
التكاليف السنوية
تقدر التكاليف السنوية للمشروع بحوالى 168.333 مليون جنية وتبلغ قيمة الأجور منها حوالى 2.7 مليون جنية وقيمة المستلزمات السلعية والخدمية حوالى 5 مليون جنية فى حين تبلغ قيمة قطع الغيار والصيانة حوالى 20.1 مليون جنية وقيمة استهلاك الكهرباء حوالى 120 مليون جنية واستهلاك رأس المال حوالى 25.013 مليون جنية وذلك بنسبة مئوية 1.6% , 3% , 11.9% , 71.3% , 14.9% على الترتيب ولقد بلغ نصيب الفدان من المساحة الكلية للزمام حوالى 311.5 جنية كتكلفة رى للفدان سنويا
العوائد
تتمثل العوائد المتوقعة لمشروع جنوب الوادى فى قيمة الإنتاج المتوقع من مشروعات التنمية الزراعية (نباتية وحيوانية ) وكذلك عائد العمالة والتصنيع الزراعى
